Évaluer les risques de biais

Dans le projet sur Covidence, cliquez sur Extraction, puis cliquez sur le bouton Continue.

Puis, prenez le temps de vous familiariser avec les principales fonctions de l’interface:

1. Create data extraction template: Créer le formulaire d’extraction de données
2. Create quality assessment template: Créer le formulaire d’évaluation des risques de biais
3. Extract: Références pour lesquelles l’évaluation des risques de biais est à faire
4. Compare: Références pour lesquelles un consensus est requis pour compléter l’évaluation des risques de biais
5. Complete: Références pour lesquelles l’évaluation des risques de biais est complétée
6. Export: Exporter les références et les données
7. Tag: Créer une étiquette et ajouter une étiquette à une référence
8. Merge as study: Fusionner des références
9. Sort: Trier les références
10. Filter: Chercher et filtrer les références

Pour chaque référence, vous avez plusieurs options:

1. Full text: Accéder au texte intégral
2. Abstract: Afficher ou masquer le résumé
3. Note: Ajouter une note
4. History: Visualiser l’historique de la référence depuis son importation dans le projet
5. Duplicate: Identifier la référence comme un doublon
6. Move to full text: Déplacer la référence au deuxième tri
7. Start: Évaluer les risques de biais de la référence
8. Manage Reviewers: Désigner une personne qui révisera la référence

Tout d’abord, vous devrez créer un formulaire d’évaluation des risques de biais. Pour ce faire, cliquez sur le bouton Create quality assessment template.

Dans la page qui apparaît, vous avez le choix entre le formulaire Cochrane RoB1 ou Custom template (formulaire personnalisé).

Nous vous recommandons d’utiliser le Cochrane RoB1 qui permet d’alimenter les domaines (Domains), conformément à l'outil original de Cochrane sur le risque de biais pour les essais contrôlés randomisés.

Vous serez dirigé vers le formulaire de votre choix. Vous pouvez y ajouter ou supprimer des éléments au besoin.

Section Domains

Dans la section Domains (domaines), il est possible d’ajouter, de modifier ou de supprimer des domaines, autant dans le formulaire Cochrane RoB1 que dans le formulaire personnalisé.

Lors de la modification d’un domaine, il est possible de changer son nom et sa description, qui apparaîtront lors de l’évaluation du risque de biais du projet.

Chaque domaine peut être évalué comme étant High (élevé), Low (faible), ou Unclear (incertain).

Pour chaque domaine, on peut cocher l’option Can apply to individual outcome groups? pour indiquer aux personnes qui révisent que l’évaluation peut être faite sur chaque groupe de résultats.

Section Outcome groups

Des groupes de résultats peuvent être créés en cliquant sur +Add Group.

Voici des exemples de groupes de résultats que vous pourriez créer:

• Analyse des groupes – pour catégoriser les résultats par caractéristiques importantes permettant d’organiser les données et de planifier leur analyse
  • Types de synthèse (ex. revue quantitative, revue narrative)
  • Gravité des sous-groupes (ex. sévère, légère à modérée, populations mixes)
  • Âge de la population (ex. enfants, adultes, tous âges)
  • Types d’études (ex. études par grappes, études individuelles randomisées
  • Comparaison des données (ex. contrôles placebo, contrôles actifs)
• Regroupements pour l’évaluation des risques de biais – pour décrire les catégories de résultats qui pourraient avoir des risques différents de biais
  • Données évaluées par le patient (comme la qualité de vie, les symptômes) et les données objectives (mortalité, admissions à l’hôpital)

Une fois le formulaire complété, cliquez sur le bouton Publish template.

Vous pourrez visualiser et modifier le formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Quality assessment template.

Attention: Une fois l’évaluation des risques de biais commencée, la modification du formulaire peut nécessiter de recommencer les évaluations déjà complétées.

Covidence considère comme doublons les références dont le titre, l'année et le volume sont identiques, puis celles dont les auteurs sont similaires. Cette méthode de déduplication rigoureuse évite d’exclure par erreur des références qui représentent des études différentes. Cependant, parfois, Covidence ne détecte pas tous les doublons.

Il est possible d’identifier manuellement une référence comme un doublon en cliquant sur le bouton Duplicate de la référence.

Cette action va automatiquement:

• Enlever la référence de la liste de tri;
• Inscrire la référence comme un doublon dans le diagramme de PRISMA;
• Indiquer le nom de la personne qui a marqué manuellement la référence comme un doublon;
• Exclure la référence du rapport de fiabilité entre les personnes qui révisent (Inter-Rater Reliability report), si un vote avait déjà été émis sur la référence.

Si vous identifiez par mégarde une référence comme un doublon, vous pouvez annuler cette action de 2 manières:

• Après avoir identifié la référence comme doublon, cliquez sur le bouton Undo;
• Dans la section Import references du projet sur Covidence, cliquez sur le lien [X] total duplicates removed. Puis, cliquez sur l’onglet Manually marked duplicates et cliquez sur le bouton Not a duplicate de la référence à réintroduire dans le projet.

L’utilisation d’étiquettes personnalisées (tags) est une façon rapide de catégoriser et de faire un suivi de vos références.

Attention : On ne doit pas utiliser les étiquettes pour afficher une intention de vote lors de la gestion des références.

Les étiquettes ajoutées aux références sont visibles par tous les membres du projet. De plus, elles seront exportées avec la liste de références lors de l’exportation vers un fichier Excel/CSV.

Voici comment créer et attribuer une ou plusieurs étiquettes à une ou plusieurs références:

1. Depuis la section Extraction, cochez la ou les références auxquelles vous souhaitez attribuer une étiquette;
2. Cliquez sur le bouton Tag;

• Pour créer une étiquette, inscrivez un terme dans le champ approprié et cliquez sur le bouton +Create [terme] tag;
• Pour attribuer une étiquette à une référence, cochez là dans la liste;

3. Cliquez sur le bouton Apply [X] tag.

Les étiquettes seront visibles depuis la liste des références. Il est possible de filtrer les références par étiquettes depuis la fonction Filter.

Le bouton Filter vous permet de chercher et filtrer les références. Plusieurs options sont disponibles:

• Avec le menu déroulant Tags, vous pouvez repérer les références auxquelles une étiquette précise a été attribuée;
• Avec le champ Keyword search, vous pouvez chercher des références selon un terme ou un nom d’auteur précis. Dans la section Within, vous pouvez choisir de chercher dans:
  • Title and abstract: Titre et résumé
  • Author (Exact match): Auteur (expression exacte)
  • Author (Fuzzy search): Auteur
  • All of the above: Tout ce qui précède (titre, résumé et auteur)
• Dans la section Full-text, vous pouvez choisir de cocher Has full-text (références avec texte intégral) ou Needs full-text (références sans texte intégral).

Pour filtrer les références, inscrivez un terme de recherche et/ou choisissez l’option de votre choix et cliquez sur le bouton Apply. Pour retirer le filtre appliqué, cliquez sur le bouton Reset filters.

Avec le menu déroulant Sort, vous pouvez choisir le nombre de références à afficher par page (25, 50 ou 100), et trier l’affichage des références par:

• Author: Auteur
• Title: Title
• Covidence ID: Identifiant de la référence dans Covidence
• Most recent: Afficher en haut les dernières références évaluées
• Most Relevant: Afficher en haut les références les plus pertinentes au projet.

La fonction de tri Most Relevant de Covidence utilise une fonction d’intelligence artificielle permettant potentiellement d’accélérer les étapes de gestion des références. Cette fonction, basée sur les tendances de tri précédentes, présente d'abord les références qui ont le plus de chance d'être incluses. Plus on gère les références, plus ce filtre est précis.

Attention: En sélectionnant une autre forme de tri (Author, Title, etc.), la fonction de tri Most Relevant se réinitialise.

Attention: Vous devez publier le formulaire avant de commencer l’évaluation des risques de biais.

Par défaut, deux personnes doivent évaluer les risques de biais pour chaque référence. Cependant, il est possible de paramétrer la revue pour qu’une personne puisse effectuer l’évaluation. Pour de l’information à ce sujet, consultez la section Onglet Review settings, sur le site Web de la Bibliothèque.

Pour commencer l’évaluation, cliquez sur le bouton Start d’une référence à la ligne Quality assessment form, sous la colonne 1^st reviewer ou 2^nd reviewer.

À gauche de la page qui apparaît, vous avez le texte intégral de la référence. À droite, vous avez le formulaire d’évaluation des risques de biais. Voici les principales fonctions:

À gauche de l’écran

1. Outline/Thumbnails: Afficher les pages ou les titres du document à gauche de la fenêtre
2. Page: Feuilleter le document
3. Pan Mode: Feuilleter le document avec une main virtuelle
4. Zoom: Gérer le zoom dans le document
5. Fit Page: Taille de l’affichage du document
6. Rotate: Faire pivoter le document
7. Search Document: Chercher dans le document

À droite de l’écran

1. Show all/Hide all: Afficher/masquer les sections du formulaire d’évaluation des risques de biais
2. Formulaire d’évaluation des risques de biais (disponible depuis l'onglet Quality Assesment)
3. Complete: Indiquer que le formulaire d’évaluation des risques de biais est rempli

Remplissez le formulaire d’évaluation des risques de biais de l’étude présentée à gauche. Pour chaque domaine, cliquez sur le bouton Make judgement, choisissez parmi les options proposées et justifiez un jugement final, puis cliquez sur le bouton Save.

Une fois le formulaire complété, cliquez sur le bouton Complete.

Pour quitter le formulaire, cliquez sur le bouton BACK.

Vous pouvez revenir au formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Continue de la référence à la ligne Quality assessment form, sous la colonne 1^st reviewer ou 2^nd reviewer.

Si une seule personne évalue les risques de biais, il n'y a pas de consensus à faire sur les références. Si deux personnes évaluent les risques de biais, un consensus est requis pour compléter l'évaluation, qu'il y ait divergence sur les données ou non.

Pour chaque référence, le formulaire d’évaluation des risques de biais doit être rempli conjointement avec le formulaire d’extraction de données pour effectuer un consensus.

Le consensus se fait par une personne, tant pour les données extraites que pour les risques de biais, le cas échéant. Cela peut être une des deux personnes qui ont évalué les risques de biais ou une troisième personne.

Pour commencer un consensus, cliquez sur l'onglet Extract ou Compare. Puis, dans le tableau de droite d'une référence, cliquez sur le bouton Continue à la ligne Quality assessment form, sous la colonne Consensus.

À gauche de la page qui apparaît, vous avez le texte intégral de la référence. À droite, vous avez le formulaire de comparaison de l’évaluation des risques de biais. Voici les principales fonctions:

À gauche de l’écran

1. Outline/Thumbnails: Afficher les pages ou les titres du document à gauche de la fenêtre
2. Page: Feuilleter le document
3. Pan Mode: Feuilleter le document avec une main virtuelle
4. Zoom: Gérer le zoom dans le document
5. Fit Page: Taille de l’affichage du document
6. Rotate: Faire pivoter le document
7. Search Document: Chercher dans le document

À droite de l’écran

1. Show all/Hide all: Afficher/masquer les sections du formulaire de consensus sur les risques de biais
2. Formulaire de consensus sur les risques de biais (disponible depuis l'onglet Quality Assesment)
3. Complete: Indiquer que le formulaire de consensus sur les risques de biais est rempli
4. YOUR FORM: Votre formulaire d’évaluation des risques de biais. Pour revenir au formulaire de consensus, cliquez sur le bouton COMPARE.

Pour chaque section du formulaire, à droite, dans la colonne RISK OF BIAS, choisissez et justifiez un jugement final, puis cliquez sur le bouton Save.

Pour prendre une décision, il est possible de sélectionner une des deux propositions des personnes qui ont fait l’évaluation, en cliquant sur Use this judgement, ou alors d’en rédiger une nouvelle dans la section Final Decision.

Une fois le consensus complété, cliquez sur le bouton Complete, en haut à droite.

Pour quitter le formulaire, cliquez sur le bouton BACK.

Vous pouvez revenir au formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Continue de la référence à la ligne Quality assessment form, sous la colonne Consensus.

Dans le projet sur Covidence, cliquez sur Extraction, puis cliquez sur le bouton Continue.

Puis, prenez le temps de vous familiariser avec les principales fonctions de l’interface:

1. Create data extraction template: Créer le formulaire d’extraction de données
2. Create quality assessment template: Créer le formulaire d’évaluation des risques de biais
3. Total included: Nombre total de références en processus d’évaluation des risques de biais
4. Not started: Références pour lesquelles l’évaluation des risques de biais est à faire
5. In progress: Références pour lesquelles l’évaluation des risques de biais est en progression
6. Consensus required: Références pour lesquelles un consensus est requis afin de compléter l’évaluation des risques de biais
7. Complete: Références pour lesquelles l’évaluation des risques de biais est complétée
8. Export: Exporter les références et les données
9. Merge as study: Fusionner des références
10. Filter by tags: Filtrer les références par étiquette
11. Le menu déroulant permet de trier les références par auteur, par le titre et par récence

Pour chaque référence, vous avez plusieurs fonctions:

1. View full text: Accéder au texte intégral
2. Add full text: Joindre un texte intégral
3. Add a note: Ajouter une note
4. Move to full text: Déplacer la référence au deuxième tri
5. Add a tag: Ajouter une étiquette
6. Begin extraction: Commencer l’extraction de données et/ou l’évaluation des risques de biais

Tout d’abord, vous devrez créer le formulaire d’évaluation des risques de biais. Pour ce faire, cliquez sur le bouton Create quality assessment template.

Vous serez dirigé vers un formulaire déjà établi par défaut par Covidence. Le formulaire est divisé en 3 panneaux:

1. ITEM SETTINGS: Permet de modifier et supprimer les éléments sélectionnés dans le panneau central
2. EDITOR: Liste des éléments qui apparaîtront dans le formulaire une fois publié
3. PREVIEW: Aperçu du formulaire d'extraction de données

Dans ce formulaire, vous avez accès à plusieurs fonctions:

1. Delete: Supprimer l’élément sélectionné
2. Reset template and delete data: Supprimer les données et réinitialiser le formulaire.
3. + : Ajouter un élément
4. Save as Draft: Enregistrer comme un brouillon
5. Publish: Publier le formulaire

Vous pouvez utiliser ce formulaire et le modifier pour que celui-ci réponde à vos besoins, ou bien utiliser un formulaire entièrement vide en cliquant sur le lien Reset template and delete all data.

Depuis le panneau EDITOR, vous pouvez ajouter, modifier ou supprimer des éléments se trouvant dans la liste.

Pour ajouter un élément, cliquez sur le symbole + vis-à-vis n’importe quel élément. Vous aurez alors deux choix:

• New Domain: Créer un domaine
• Duplicate this domain: Dupliquer ce domaine

Pour modifier l’intitulé d’un élément, cliquez sur celui-ci et saisissez le texte.

Pour déplacer un élément, cliquez sur l’icône d’un élément du panneau EDITOR et déplacez-le à l’endroit souhaité.

Pour supprimer un élément, cliquez sur un élément du panneau EDITOR. Dans le panneau ITEM SETTINGS, cliquez sur le bouton Delete, puis sur le bouton Yes, delete.

Il est aussi possible d’ajouter des instructions à l’attention des personnes qui feront l’extraction. Pour ce faire, cliquez sur un élément. Dans le panneau ITEM SETTINGS, inscrivez les instructions dans la boite Instructions to extractors.

Une fois le formulaire rédigé, cliquez sur le bouton Publish, puis sur le bouton Yes, publish.

Pour sauvegarder les modifications sans publier le formulaire, cliquez sur le bouton Save as Draft. Pour quitter le formulaire, cliquez sur le bouton Back .

Vous pourrez visualiser et modifier le formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Quality assessment template.

Attention: Une fois l’évaluation des risques de biais commencée, la modification du formulaire peut nécessiter de recommencer les évaluations déjà complétées.

L’utilisation d’étiquettes personnalisées (tags) est une façon rapide de catégoriser et de faire un suivi de vos références.

Attention: On ne doit pas utiliser les étiquettes pour afficher une intention de vote lors de la gestion des références.

Les étiquettes ajoutées aux références sont visibles par tous les membres du projet. De plus, elles seront exportées avec la liste de références lors de l’exportation vers un fichier CSV.

Voici comment créer ou attribuer une étiquette pour une référence:

1. Dans la section Extraction, cliquez sur le bouton Add a tag d’une référence;
2. Inscrivez un terme ou cliquez sur le menu déroulant pour choisir une étiquette;
3. Cliquez sur le bouton Save.

Le menu déroulant Filter by tags permet de filtrer les références par étiquette.

Pour ce faire, cliquez sur ce menu déroulant et choisissez une ou plusieurs étiquettes. Pour retirer le filtre, cliquez sur le X à côté de l’étiquette.

Le menu déroulant Author permet de trier l’affichage des références par:

• Author: Auteur
• Title: Titre
• Most recent: Afficher en haut les dernières références évaluées

Le menu déroulant Author permet de trier l’affichage des références par:

• Author: Auteur
• Title: Titre
• Most recent: Afficher en haut les dernières références évaluées

Évaluer les risques de biais [accordéon]

Attention: Vous devez publier le formulaire avant de commencer l’évaluation des risques de biais.

Par défaut, deux personnes doivent évaluer les risques de biais. Cependant, il est possible de paramétrer la revue pour qu’une personne puisse effectuer l’évaluation. Pour de l’information à ce sujet, consultez la section Onglet Review settings, sur le site Web de la Bibliothèque.

Pour commencer l’évaluation, cliquez sur le bouton Begin extraction d’une référence.

À gauche de la page qui apparaît, vous avez le texte intégral de la référence. À droite, vous avez le formulaire d’extraction de données. Cliquez sur l’onglet QUALITY ASSESSMENT pour accéder au formulaire d’évaluation des risques de biais.

Voici les principales fonctions:

À gauche de l’écran

1. Select Full Text: Choisir le texte intégral (si plusieurs textes intégraux sont joints à une référence)
2. Outline/Thumbnails: Afficher les pages ou les titres du document à gauche de la fenêtre
3. Page: Feuilleter le document
4. Pan Mode: Feuilleter le document avec une main virtuelle
5. Zoom: Gérer le zoom dans le document
6. Fit Page: Taille de l’affichage du document
7. Rotate: Faire pivoter le document
8. Search Document: Chercher dans le document

À droite de l’écran

1. Formulaire d’évaluation des risques de biais (disponible depuis l'onglet QUALITY ASSESMENT)
2. Save: Enregistrer la saisie
3. Send for Consensus: Indiquer que le formulaire d’évaluation des risques de biais est rempli

Remplissez le formulaire d’évaluation des risques de biais de l’étude présentée à gauche. Pour chaque domaine, choisissez parmi les options proposées et justifiez un jugement final. Pour éviter de perdre vos données, nous vous recommandons de sauvegarder régulièrement en cliquant sur le bouton Save.

Une fois le formulaire complété, cliquez sur le bouton Send for Consensus.

Pour quitter le formulaire, cliquez sur le bouton Back .

Vous pouvez revenir au formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Continue extraction de la référence.

Lorsqu’une seule personne s’occupe de l’extraction, une fois l’évaluation des risques de biais est faite, la référence demeure sous l’onglet In progress, afin de permettre d’effectuer l’étape Begin checking.

Si une seule personne évalue les risques de biais, il n'y a pas de consensus à faire sur les références. Si deux personnes évaluent les risques de biais, un consensus est requis pour compléter l'évaluation, qu'il y ait divergence sur les données ou non.

Pour chaque référence, le formulaire d’évaluation des risques de biais doit être rempli conjointement avec le formulaire d’extraction de données pour effectuer un consensus.

Le consensus se fait par une personne, tant pour les données extraites que pour les risques de biais, le cas échéant. Cela peut être une des deux personnes qui ont évalué les risques de biais ou une troisième personne.

Pour commencer un consensus, cliquez sur le bouton Begin consensus d’une référence.

Quality assessment form,

À gauche de la page qui apparaît, vous avez le texte intégral de la référence. À droite, vous avez le formulaire de consensus des données extraites. Cliquez sur l’onglet QUALITY ASSESSMENT pour accéder au formulaire de consensus sur les risques de biais.

Voici les principales fonctions:

À gauche de l’écran

1. Select Full Text: Choisir le texte intégral (si plusieurs textes intégraux sont joints à une référence)
2. Outline/Thumbnails: Afficher les pages ou les titres du document à gauche de la fenêtre
3. Page: Feuilleter le document
4. Pan Mode: Feuilleter le document avec une main virtuelle
5. Zoom: Gérer le zoom dans le document
6. Fit Page: Taille de l’affichage du document
7. Rotate: Faire pivoter le document
8. Search Document: Chercher dans le document

À droite de l’écran

1. Formulaire de consensus sur les risques de biais (disponible depuis l'onglet QUALITY ASSESMENT)
2. Save: Enregistrer la saisie
3. Complete: Indiquer que le formulaire de consensus sur les risques de biais est rempli

Pour chaque section du formulaire à droite, utilisez la colonne Final Decision pour choisir un jugement final et ajoutez des commentaires si besoin.

Pour prendre une décision, il est possible de sélectionner une des deux propositions des personnes qui ont fait l’évaluation, en cliquant sur Use this judgement, ou alors d’en rédiger une nouvelle dans la section Final Decision.

Attention: Pour éviter de perdre vos données, nous vous recommandons de sauvegarder régulièrement en cliquant sur le bouton Save.

Une fois le formulaire complété, cliquez sur le bouton Complete.

Pour quitter le formulaire, cliquez sur le bouton Back .

Vous pouvez revenir au formulaire en tout temps en cliquant sur le bouton Continue consensus de la référence.